বিরল উপজেলায় ৩ টি নদী রয়েছে। নদীগুলো হচ্ছেঃ
১। পুনর্ভবা নদী
পুনর্ভবা বাংলাদেশ-ভারতের একটি আন্তঃসীমান্ত নদী।এটি বাংলাদেশের উত্তর-পশ্চিমাঞ্চলের দিনাজপুর জেলা এবং পশ্চিমবঙ্গের দক্ষিণ দিনাজপুর জেলার একটি নদী। নদীটির দৈর্ঘ্য ২২৩ কিলোমিটার, গড় প্রস্থ ১০২ মিটার এবং নদীটির প্রকৃতি সর্পিলাকার।পুনর্ভবা নদীর প্রাচীন উৎস ব্রাহ্মণপুর বরেন্দভূমি। ১৭৮৭ খ্রীষ্টাব্দে হিমালয়ের বন্যায় প্রচণ্ড ভূমিধ্বসে সানুর নিকট এ নদীর পার্বত্য উৎসমুখ বন্ধ হয়ে যায় এটির বর্তমান উৎপত্তিস্থল হচ্ছে দিনাজপুর জেলার বীরগঞ্জ উপজেলার শিবরামপুর ইউনিয়নের বিলাঞ্চল। পতিত হয়েছে মহানন্দা নদীতে।
২। টাঙ্গন নদী
এটি পুনর্ভবা নদীর একটি উপনদী। ভারতের পশ্চিমবঙ্গের জলপাইগুড়ি থেকে উৎপন্ন হয়ে এটি বাংলাদেশের পঞ্চগড় জেলার পশ্চিম সীমান্ত দিয়ে বাংলাদেশে প্রবেশ করেছে। এটি পঞ্চগড়, ঠাকুরগাঁওয়েরপীরগঞ্জ, রুহিয়া, এবং বোচাগঞ্জ, এবং দিনাজপুর জেলার বিরল উপজেলা দিয়ে পুনরায় পশ্চিমবঙ্গের দিকে চলে যায়। এই নদী পুনরায় গোমস্তাপুর উপজেলারবাঙ্গাবাড়ী ইউনিয়নের ভেতর দিয়ে বাংলাদেশে প্রবেশ করে এবং পুনর্ভবা নদীর সাথে মিলিত হয়। শীতকালে এই নদীর পানি কমে গেলেও বর্ষাকালে নৌ যোগাযোগের উপযুক্ত হয়। ঠাকুরগাঁও শহর টাংগন নদীর তীরে অবস্থিত।১৯৮৯ সালে পঞ্চগড় জেলার বোদা উপজেলার দশ কিলোমিটার পশ্চিমে টাংগন নদীতে একটি ব্যারেজ নির্মিত হয়। এর মাধ্যমে পঞ্চগড় ও ঠাকুরগাও জেলার বিভিন্ন থানার প্রায় ৫,০০০ হেক্টর জমিতে সেচের ব্যাবস্থা করা সম্ভব হয়েছে।
৩। তুলাই নদী।
পরিকল্পনা ও বাস্তবায়নে: মন্ত্রিপরিষদ বিভাগ, এটুআই, বিসিসি, ডিওআইসিটি ও বেসিস